Cómo damos soporte bioinformático a un grupo de investigación del Hospital de Bellvitge con AWS

Escrito por Oscar Guell en 2022-02-04T12:50:46Z

Topics: Cloud Transformation


 

A los ingenieros e ingenieras de IThinkUPC nos motiva mucho asesorar y facilitar a los grupos de investigación el acceso a las herramientas informáticas más idóneas en cada caso particular, es decir, ofrecerles la tecnología que les permita ser el máximo de autónomos y les ayude a agilizar los procesos de investigación. Nuestra vocación es ofrecer acompañamiento experto, cercano y flexible.

En este vídeo, un grupo de investigación del servicio de microbiología del Hospital de Bellvitge describe cómo los hemos ayudado a desplegar y gestionar un entorno de análisis bioinformático de datos con herramientas de computación en la nube de Amazon Web Services. Sara y Aida, del servicio de microbiología del Hospital de Bellvitge, nos lo explican en la entrevista que podréis escuchar en el vídeo. Os la transcribimos aquí:

Presentación del grupo: ¿quiénes sois y a qué os dedicáis?

Somos un grupo de investigación del servicio de microbiología del Hospital Universitario de Bellvitge que trabaja en patógenos bacterianos, principalmente neumococo y Haemophilus influenzae. Nuestra línea de investigación se centra en el análisis del ADN bacteriano para ver cómo evoluciona en los patógenos en el tiempo, pero también para estudiar sus mecanismos de virulencia y de resistencia antibiótica.

¿Cómo se ha visto afectada vuestra investigación con la incorporación de nuevas tecnologías?

La investigación epidemiológica ha cambiado mucho en los últimos años, ya que se han creado nuevas herramientas de secuenciación masiva más rápidas y fiables. Con estas nuevas tecnologías podemos conseguir toda la información genética de los microorganismos, pero a la vez generamos muchos más datos y nos hemos visto obligados a crear nuevos protocolos de análisis bioinformático.

¿Qué dificultades os habéis encontrado con este cambio?

La dificultad principal que encontramos fue la falta de herramientas bioinformáticas que se adaptasen a nuestras necesidades, como por ejemplo un entorno de trabajo Linux con alta capacidad computacional para los análisis y el espacio de almacenaje.

¿Qué solución encontrasteis?

Desde el hospital nos pusieron en contacto con la empresa de servicios TIC de la Universitat Politècnica de Catalunya, IThinkUPC, que cuenta con consultores expertos y expertas con los que enseguida nos entendimos.

¿Cómo trabajáis con IThinkUPC?

Después de varias reuniones con Cristina, Eduard y Dídac, definieron la arquitectura del servidor que mejor se adaptara a nuestras necesidades; fueron ellos los que nos propusieron que utilizáramos las herramientas de computación en la nube de Amazon Web Services.

Nos desplegaron un entorno de trabajo amigable que nos permite trabajar sin tener que preocuparnos de la parte más técnica. Actualmente tenemos un sistema de autogestión del servidor (RunDeck) y otro que nos permite crear consultas y gestionar incidencias (GN6).

RunDeck es una página web a la que tenemos acceso mediante un usuario propio en la que tenemos creadas una serie de tareas que nos ayudan a gestionar el servidor. Por ejemplo, una de estas tareas nos permite iniciar y parar el servidor, ya que AWS se paga por tiempo de uso. Otra tarea muy útil es la consulta del consumo semanal. A medida que nos van surgiendo nuevas necesidades, podemos ir creando nuevas tareas.

Por otro lado, GN6 es un sistema de comunicación directa con el equipo de IThinkUPC, que por ejemplo utilizamos si tenemos problemas para instalar algún programa o si necesitamos instalar alguna actualización o simplemente soporte informático.

¿Recomendarías IThinkUPC a otros grupos de investigación?

A nosotros nos ha sido de gran ayuda recibir el soporte de IThinkUPC, porque en nuestro grupo no teníamos los conocimientos necesarios para desplegar y gestionar el entorno de análisis bioinformático de datos, y ahora, en cambio, tenemos el entorno y el soporte cuando los necesitamos. Pensamos que podría ser útil para los investigadores con conocimientos básicos de Linux que deben llevar a cabo análisis bioinformáticos de datos, pero que no tienen la formación para desplegar todo este sistema informático.